朱元璋虽然把兵权全部交给了郭子兴，但却与郭子兴事先声明：他的那些老部下只听命于他。也就是说，在滁州城，朱元璋的团队还是一个独立的小组织。这就让郭子兴大为不满，他的两个儿子郭天叙与郭天爵也年轻气盛，又始终瞧不起朱元璋那副相貌，所以处处和朱元璋作对。朱元璋后来哭着对马皇后说：“你的两个兄弟在滁州时曾设宴要谋杀我，幸好老天保佑，那天我拉肚子，无法赴宴。”马皇后吃惊地问：“你当时为何不说？”
朱元璋愣了一下，随即马上把话题岔开了。郭天叙和郭天爵是否真谋害过他，这是个谜。不过郭子兴对朱元璋的态度发生了一百八十度大转变，却是事实。据马娘娘后来回忆说，郭子兴有次莫名其妙地把朱元璋关禁闭，朱元璋在小黑屋里饿了许多天，完全是靠着腹胀的“天赋”才挺了过来。后来还是马皇后说情，郭子兴才把朱元璋释放了。
不过，两人的矛盾不可能继续扩大，因为外部的危机很快就到来了。1354年农历九月，赵均用、孙德涯攻陷了六合，还未等他们在六合站稳脚跟，就受到了元政府野战军司令脱脱的合围。脱脱以百万之众，刚击败了高邮城的张士诚，正气势如虹。在他百万兵团的围攻下，六合城摇摇欲坠。赵均用只能厚着脸皮，向滁州的郭子兴求救。