“陈诚算个什么东西，我当师长时，他才当连长！”
陈诚仍然当上了军政部长。从此何、陈矛盾日益加深，两人的势力也开始逆转。
为了安抚和补偿何应钦，蒋介石任命何应钦为同盟国中国战区中国陆军总司令。1944年12月，何应钦率领四个方面军，亲自指挥了湘西会战，伤毙日军近三万人，获战利品20多吨。随后乘湘西会战之勇，何应钦发起桂柳反击战，收复广西，为反攻广州创造了条件。战役结束后，何应钦获得罗斯福总统颁赠的金椰勋章。
1945年8月15日，日本宣布无条件投降，蒋介石指派何应钦为中国战区受降最高指挥官。
9月9日上午8时50分，何应钦身着米黄色军装，佩上将领章，斜挎武装带，率受降官陆军二级上将顾祝同、陆军中将萧毅肃、海军上将陈绍宽、空军上校张廷孟，来到南京中国陆军总司令部大礼堂，在灯光照耀下，踩着乐声进入受降席就座。
8时52分，日军投降代表驻华最高指挥官冈村宁次大将、支那派遣军总参谋长陆军中将小林浅三郎等共7人，在国民党军训部次长王俊中将和翻译王武上校引导下，脱帽后由正门入会场。
9时刚过，何应钦将日军降书中文本两份，递萧毅肃转交冈村宁次，冈村宁次忙站起，双手接过，并在快速翻阅后，用毛笔在两份降书上签字，从口袋中取出圆形水晶图章盖印，又令小林浅三郎向何应钦呈递降书。