二、教授治校
竺可桢认为：“教授是大学的灵魂，一个大学学风的优劣，全视教授人选为转移。假使大学里有许多教授，以研究学问为毕生事业，以教育后进为无上职责，自然会养成良好的学风，不断地培植出来博学敦行的学者。”他说：“大学所施的教育，本来不是供给传授现成的知识，而重在开辟基本的途径，提示获得知识的方法，并且培养学生研究批判和反省的精神。”“一个学校实施教育的要素，最重要的不外乎教授的人选、图书仪器等设备和校舍建筑。这三者之中，教授人才的充实，最为重要。”
他认为，教授是知识、人格、校风得以传承的校魂，而初露头角、具有良好潜质的青年学者，则是传承的根源。他说：“要发展一个大学，最主要的是能物色前途有望的青年。”
他坚持民主治校，依靠教授来管理学校。当时，学校各级领导人选，以“资格极好，于学问、道德、才能为学生所钦仰而能教课者为限”，都选有名望的教授担任，即使在“文军长征”艰苦卓绝的情况下，仍然如此。
三、学术自由
他主张学术自由、教育自治，“大学无疑的应具有学术自由的精神”，“大学的最大目标是在蕲求真理”，没有自由研究的氛围，真理不明，而保持学术自由，就要“对学校应能自治，以维护大学之尊严”。