很多人的关注点并不在安全性上，而是这一基因疗法所产生的“三父母婴儿”可能引发的伦理问题，正是这一点，让这项技术一度饱受争议。有人担心这种基因治疗技术有“扮演上帝”之嫌，尽管我们很难看出它与其他任何人工辅助生育技术有何本质区别。一些人则担心，这可能会让我们滑向“设计婴儿”的深渊。如果非要说“设计”，线粒体转移技术也只是让那些原本没有机会带着正常线粒体出生的婴儿拥有正常的线粒体，仅此而已。从这个角度来说，他们与其他正常的孩子相比，几乎没有任何本质上的区别。“设计婴儿”一说着实有些牵强。
还有一些人认为，这种结合了三位父母的DNA于一身的人，可能会出现自我意识的矛盾。要打消这最后一个隐忧，最好的办法也许是把我们的那位终极系谱学家请回来。这一次，我们不再把他的追溯范围限定在母系祖先上，而是与我们相关的每一个人。现在，你认为你有几个祖先呢？让我们一起简单算一算，这次保守一点，按30年为一代来计算，这样一个世纪就有三代人。回溯到100年前，我们顶多只有8位祖先。到200年前，是64位。但随着时间的推移，这一数字增长得很快。到500年前，我们就有多达32 768位祖先—相当于一个很大乡镇的人口了。